定义

之前的文章中有介绍过，HiC常用的几款软件的原理内容。可以点击链接访问了解一下
在这里不做赘述。

软件安装

新版本

建议使用目前最新的3.0.0版本（需要root权限）
安装方法如下：

# 创建conda环境
conda create -y -n hic-pro python=3.7 pysam bx-python numpy scipy samtools bowtie2 iced

# 下载HiC-Pro最新版本
wget https://hub.fastgit.org/nservant/HiC-Pro/archive/refs/tags/v3.0.0.tar.gz

tar zxf v3.0.0.tar.gz

cd HiC-Pro-3.0.0/

# 需要root权限
sudo make install

旧版本

如果新版本不适应可以使用旧版本

1	conda install -c davebx hicpro

其他安装方法参考官方

软件操作流程

数据准备

将Hi-C数据放入对应以样品名命名的目录下。
(注意文件夹名、_R1.fastq.gz._R2.fastq.gz)
基因组组装结果文件
ln -s PATH=your_assembly.fasta genome.fa

必备文件1-基因组bowtie2索引

1	bowtie2-build genome.fa genome

酶切片段文件

1	/home/lixingze/software/HiC-Pro-3.0.0/bin/utils/digest_genome.py genome.fa -r dpnii -o genome_dpnii.bed

基因组中序列大小文件

1 2	samtools faidx genome.fa awk '{print $1"\t" $2}' genome.fa.fai >genome.sizes

运行hic-pro

1	HiC-Pro -c config-hicpro.txt -o analysis -i data

config-hicpro.txt 配置

其中没有提到的建议使用默认数据操作

## SYSTEM AND SCHEDULER - Start Editing Here !!

N_CPU = 50  #CPU线程数
LOGFILE = hicpro.log  #log文件名

JOB_NAME = sample  #任务名
JOB_MEM = 100gb  #占用内存
JOB_WALLTIME = 
JOB_QUEUE = 
JOB_MAIL = 

PAIR1_EXT = _R1
PAIR2_EXT = _R2

BOWTIE2_IDX_PATH = /home/lixingze/XHS-Analysis/HiC-Pro/reads #比对的reads文件目录
BOWTIE2_GLOBAL_OPTIONS = --very-sensitive -L 30 --score-min L,-0.6,-0.2 --end-to-end --reorder
BOWTIE2_LOCAL_OPTIONS =  --very-sensitive -L 20 --score-min L,-0.6,-0.2 --end-to-end --reorder

GENOME_SIZE = /home/lixingze/XHS-Analysis/HiC-Pro/reads/genome.sizes #genome.sizes的绝对路径

## Digestion Hi-C

GENOME_FRAGMENT = /home/lixingze/XHS-Analysis/HiC-Pro/reads/genome_dpnii.bed #绝对路径
LIGATION_SITE = GATCGATC #限制性内切酶，具体用的什么酶可以咨询测序公司，我这里用的dnp II
MIN_FRAG_SIZE = 100
MAX_FRAG_SIZE = 100000
MIN_INSERT_SIZE = 100
MAX_INSERT_SIZE = 1000


## Contact Maps

BIN_SIZE = 20000 40000 150000 500000 1000000 #根据自身需求设置 bin size
MATRIX_FORMAT = upper

结果

hic_result/matrix目录

data:存放validpair及其他无效数据文件matrix:存放不同分辨率矩阵文件,
分为raw和iced文件，raw:原始矩阵iced:ice校正后的矩阵后续分析使用，
可以使用HiCPlotter、HiCExplorer出图，或者进行三维基因组学中的部分分析。

pic:存放统计结果图片

stats:存放统计表

hic_result/data目录

allVaildPairs:合并后的valid pairs数据
DEPairs: Dangling end pairs数据
DumpPairs:实际片段长度和理论片段长度不同的数据REPairs:酶切片段重新连接的pairs
FiltPairs:基于min/max insert/fragment size过滤的pairsSCPairs:片段自连的pairs

hic_result/pic目录

plotHiCContactRanges_Example1.pdf有效互作中各类型比例图

plotHiCContactRanges

plotHiCFragmentSize_Example1.pdf有效互作的片段大小分布图

plotHiCFragmentSize

plotMappingPairing_Example1.pd合并后双端比对过滤结果图

plotMappingPairing ]

plotHiCFragment_Example1.pdf有效数据过滤结果图

plotHiCFragment

plotMapping_Example1.pdf单端比对过滤结果图

plotMapping

HiC-Pro易报错的地方总结

错误一

1	Exit: Error: Directory Hierarchy of rawdata '/home/lixingze/data/HiC/hicpro/data' is not correct. No '.fastq(.gz)' files detected

整理reads目录结构
注意：这里在HiCPro的源码中只会读入指定目录的子目录的文件 ,所以将hic测序数据放在子目录下即可

错误二

1
2
3

Pairing of R1 and R2 tags ...
Logs: logs/fastq/mergeSAM.log
make: *** [/home/lixingze/software/HiC-Pro-3.0.0/bin/../scripts//Makefile:144: bowtie_pairing] Error 1

原因可能是之前的bowtie2索引数据有问题造成的，重新跑一次。