物种内共线性分析步骤——JCVI安装以及数据下载（一）

安装

最简单的方法是通过PyPI安装它：

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pip install jcvi

#或者安装开发版本
pip install git+git://github.com/tanghaibao/jcvi.git

或者，如果要手动安装：

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git clone git://github.com/tanghaibao/jcvi.git
pip install -e .

还有一些依赖包安装方法移步官网

数据下载

接下来重点说一下安装完成之后的使用，

1、下载测试数据
下载数据可以从Phytozome官方直接下载，
当然也有另外一种方法就是直接在服务器操作下载，相比而言第二种省去了下载上传的时间，可以直接放到后台运行：

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python -m jcvi.apps.fetch phytozome
#输入第一行命令之后会弹出，只需输入自己注册过的Phyzome账号密码即可
Phytozome Login: xxxxxxxx
Phytozome Password:

如果没有登录名，在此处注册一个。
登录成功之后会自动弹出

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Usage: 
    fetch.py phytozome species

    Retrieve genomes and annotations from phytozome using Globus API. Available
    species listed below. Use comma to give a list of species to download. For
    example:

    $ fetch.py phytozome Athaliana,Vvinifera,Osativa,Sbicolor,Slycopersicum

    The downloader will prompt you to enter Phytozome user name and password
    during downloading. Please register for a login at:
    https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html.
    
                 ZmaysPH207                      Zmays
                    Zmarina                  Vvinifera
                   Vcarteri                  Tpratense
                     Tcacao                   Sviridis
                 Stuberosum                  Spurpurea
                 Spolyrhiza            Smoellendorffii
              Slycopersicum                   Sitalica
                    Sfallax                   Sbicolor
                  Rcommunis                  Pvulgaris
                  Pvirgatum               Ptrichocarpa
                   Ppersica                    Ppatens
                    Phallii                  Othomaeum
             OsativaKitaake                    Osativa
               Olucimarinus                Mtruncatula
                  MspRCC299           MpusillaCCMP1545
                Mpolymorpha                  Mguttatus
                 Mesculenta                 Mdomestica
                 Macuminata             Lusitatissimum
                 Klaxiflora              Kfedtschenkoi
                 Graimondii                       Gmax
                     Fvesca               Esalsugineum
                   Egrandis                    Dsalina
                    Dcarota        CsubellipsoideaC169
                  Csinensis                   Csativus
                   Crubella               Creinhardtii
                    Cpapaya               Cgrandiflora
                Cclementina                   Bstricta
                    Bstacei                  BrapaFPsc
          Boleraceacapitata                Bdistachyon
                Atrichopoda                  Athaliana
                    Alyrata           Ahypochondriacus
                   Ahalleri                   Acomosus
                  Acoerulea      Vunguiculata_469_v1.1
      Tintermedium_503_v2.1         Taestivum_296_v2.2
          Sviridis_500_v2.1       SbicolorRio_468_v2.1
         Pvirgatum_450_v4.1      Pumbilicalis_456_v1.5
      Ptrichocarpa_444_v3.1           Phallii_495_v3.1
        PhalliiHAL_496_v2.1    PdeltoidesWV94_445_v2.1
         Oeuropaea_451_v1.0         Msinensis_497_v7.1
             Lsativa_467_v5            Hvulgare_462_r1
           Hannuus_494_r1.2         Ghirsutum_458_v1.1
 Czofingiensis_461_v5.2.3.2           Cquinoa_392_v1.0
        Carietinum_492_v1.0       Bsylvaticum_490_v1.1
         Bhybridum_463_v1.1 BdistachyonBd21_3_460_v1.1
          Bbraunii_502_v2.1    Athaliana_447_Araport11
      Aofficinalis_498_V1.1      Aoccidentale_449_v0.9
  Ahypochondriacus_459_v2.1

Options:
  -h, --help            Show this help message and exit
  --version=VERSION     Phytozome version, must be one of
                        9|10|11|12|12_unrestricted|13 [default: 12]
  --assembly            Download assembly [default: False]
  --format              Format to CDS and BED for synteny inference [default:
                        False]
  --downloader=DOWNLOADER
                        Use the specified downloader to retrieve resources,
                        must be one of curl|insecure|powershell|wget [default:
                        guess]

JCVI utility libraries v1.0.12 [Copyright (c) 2010-2021, Haibao Tang]

如果要下载可直接输入上面的名称，
eg：我需要下载Zmays和Zmarina只需要输入

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python -m jcvi.apps.fetch phytozome Zmays,Zmarina

非常方便的下载共线性分析需要用到的数据，而不需要你在官网自己查找！！

解压

本次笔者使用的数据为Zmarina,使用命令下载完成之后得到以下两个压缩文件

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$ ls -lh
总用量 10M
-rw-rw-r-- 1 lixingze lixingze 7.6M 10月   4 14:55 Zmarina_324_v2.2.cds.fa.gz
-rw-rw-r-- 1 lixingze lixingze 2.4M 10月   4 14:55 Zmarina_324_v2.2.gene.gff3.gz

通过$ gunzip Zmarina_324_v2.2.*
解压得到

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$ ls -lh
总用量 47M
-rw-rw-r-- 1 lixingze lixingze 26M 2月   4 14:55 Zmarina_324_v2.2.cds.fa
-rw-rw-r-- 1 lixingze lixingze 21M 2月   4 14:55 Zmarina_324_v2.2.gene.gff3

下一步进行物种内共线性

参考

https://github.com/tanghaibao/jcvi

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